Μετά τη δημιουργία της ΕΠΟΝ, εντάχθηκε στην Οργάνωση της Θεσσαλονίκης και στο ΚΚΕ, ενώ με τη διάσπαση του ΚΚΕ, το 1968, εντάχθηκε στο ΚΚΕ «Εσωτερικού». Σπούδασε Ιατρική στο ΑΠΘ και το 1955 μετεκπαιδεύτηκε στη Βιέννη. Για τη δράση του συνελήφθη το 1948, βασανίστηκε, καταδικάστηκε για παράνομη δράση από έκτακτο στρατοδικείο σε θάνατο και φυλακίστηκε στο Επταπύργιο, έως το 1951. Μετά την αποφυλάκισή του εργάστηκε στη Θεσσαλονίκη σαν ακτινολόγος. Το 1978 εγκαταστάθηκε, με την σύζυγο και τον μοναχογιό του, στην Αθήνα.
Στα χρόνια των αγώνων και του εγκλεισμού του, ο Μ. Αναγνωστάκης έγραψε και δημοσίευσε τις παρακάτω ποιητικές συλλογές: «Εποχές» (1945), «Εποχές 2» (1948), «Εποχές 3» (1951). Ακολούθησαν οι συλλογές «Η συνέχεια» (1954), «Η συνέχεια 2» (1956), «Η συνέχεια 3» (1962), «Το περιθώριο» (1968-1969), «Ο στόχος» (1970), «Κόμμα» (1971). Το 1975 δημοσίευσε τη συλλογή «Τα Ποιήματα (1941-1971)». Το 1983, εκτός εμπορίου, τη συλλογή «Υ.Γ» (επανεκδόθηκε κανονικά το 1992), η οποία περιλαμβάνει ποιήματα μιας ή δυο φράσεων, που μοιάζουν με αυτοβιογραφικά αλλά ετερογραφικά «επιγράμματα». Το 1987 εκδόθηκαν «Τα συμπληρωματικά», «Παιδική μούσα» (τραγούδια για μικρά παιδιά) και το 1990 η συλλογή – ανθολογία «Η χαμηλή φωνή».
Ο Μ. Αναγνωστάκης, σε μια από τις σπάνιες συνεντεύξεις του, εξήγησε τη σχεδόν δεκαπεντάχρονη ποιητική «σιωπή» του: «Στο αλλοιωμένο τοπίο της εποχής μας δε θα ξαναγράψω. Το έργο μου το ολοκλήρωσα. Επιλέγω τη σιωπή».
Παράλληλα με την ποίησή του, που μεταφράστηκε στα αγγλικά, γαλλικά, γερμανικά και ιταλικά, και μελοποιήθηκε από συνθέτες, όπως οι Μίκης Θεοδωράκης, Θάνος Μικρούτσικος, Αγγελική Ιονάτου, Μιχάλης Γρηγορίου, Δημήτρης Παπαδημητρίου κ.ά., ασχολήθηκε και με τη μελέτη και την κριτική της λογοτεχνίας, συνεργαζόμενος με διάφορα περιοδικά και με την εφημερίδα «Αυγή». Επίσης, είχε ανακηρυχτεί επίτιμος διδάκτωρ του Αριστοτέλειου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης.
